展示室は「A.長崎の大地から読み解く科学」「B.長崎の暮らしを支える科学」「C.長崎の未来をつくる科学」のテーマからなる３つのゾーンで構成されています。また、展示室内の「おもしろ実験・工作コーナー」では、実験ショーや簡単な工作を楽しむことができます。

スペースシアターでは、キャラクターが星空のおはなしをしてくれる「プラネタリウム番組」、全編フルスクリーン映像
をお楽しみいただける「科学館番組」を上映します。（各回定員200名）

天文台には、直径９ｍのドームがあり、直径50cmの反射式大型天体望遠鏡を設置しています。さらに､屋上の星空広場には直径10cmの望遠鏡を設置できるようになっています。